HDDのデータがすっ飛んだ

PCの録画ファイル置き場にしてたHDDが満杯に近づいてたので、新しいの買って、古いのと差し替えた。
そんで、しばらく使って、ふと古い録画を見たくなって、また差し替えた。
見たあと満足して、また録画のために新しいのに差し替えた。
そしたら起動の際チェックディスクが走って、deleting indexなんとかいうメッセージが流れて非常に嫌な予感が。
Windows起動後に確認すると、9割がた使用済みだったはずのHDDが、ほぼカラになっていて焦った。
検索してRecuvaに頼って、8割程度は消えたファイルが取り戻せたが、かなりの数のファイル名やパス等がメチャメチャになっており、何が何のファイルだか全く分からなくなってしまった。